Действие игры происходит в 1274 году, во время первого монгольского вторжения в Японию, когда остров Цусима был захвачен и разорен Монгольской империей. Главный герой, японский самурай по имени Дзин, в одиночку дает бой превосходящим силам монголов, опираясь на старые самурайские традиции и необычные методы борьбы. Предводитель монголов, Хан, описывается как "пугающе здравомыслящий убийца". Моделями для внешности Дзина и Хана послужили актеры Дайсукэ Цудзи и Патрик Галлахер соответственно. Остров Цусима в игре представляет собой открытый мир, по которому игрок может передвигаться свободно; на нем имеется множество примечательных мест — от бамбуковых зарослей до замков.