События Call of Duty: Modern Warfare 2 разворачиваются спустя пять лет после окончания Call of Duty 4: Modern Warfare (то есть, в 2016 году). Российская ультранационалистическая организация, несмотря на гибель своего лидера Имрана Захаева, победила в Гражданской войне в России. Однако среди ультранационалистов произошёл раскол и один из их руководителей — Владимир Макаров — вновь ушёл в подполье. Он организовал многочисленные террористические акты против западных стран. Опасаясь укрепления позиций Макарова, НАТО сформировало элитный отряд для борьбы с террористами ОТГ-141, возглавляемый американским генералом Шепардом.