Действие игры развернется в альтернативном прошлом Земли. Великая катастрофа уничтожила большую часть мира. Только 30% человечества смогло выжить и теперь обитает в нескольких местах на земле, где можно жить. Когда правительства стран потерпели крах, корпорации взяли власть под свой контроль. Мир погрузился в хаос и анархию. Добро пожаловать в Нью-Йорк в 1998 года.
Если вы еще не поняли, сюжет ExeKiller будет сосредоточен на мрачном охотнике за головами, выполняющем очень серьезную миссию. Он бродит по заброшенным закусочным, безрассудно ездит по пыльным постапокалиптическим ландшафтам и сражается на крыше движущегося поезда, чтобы качественно выполнить свою работу. Основная цель героя игры - собрать S.O.U.L.S, компонент биочипа, который аккумулирует всю информацию о своем владельце, а также управляет им. Чипы производятся на одной из крупнейших корпораций, правящих Новой Землей.