Серия визуальных новелл Grisaia рассказывает о Юджи Казами, известном в криминальном мире как "Чистильщик", который поступает в академию Михама в поисках обычной жизни. К сожалению, это не то, что он получает, так как он оказывается в классе, где учатся пять девушек, которых невозможно назвать обычными.
По мере того как всплывают секреты его криминального прошлого, пяти девушкам приходится открывать друг другу о себе то, что они скрывают. Это приводит Казами к пониманию того, что у него никогда не будет обычной жизни.