Действие Lost Eidolons происходит в фэнтезийном мире под названием Артемезия. Игрокам предстоит взять под свое управление авторитетного наемника по имени Иден, который стал жертвой заговора аристократов. Возглавив отряд повстанцев, дабы защитить свою страну, главный герой задумал устроить переворот и свержение деспотичного короля-завоевателя Людивиктуса. Иден отправляется в опасное путешествие, полное моральных дилемм, горьких прощаний и предательства, которое заставит парня понять кто он такой на самом деле, и какая роль ему отведена в этом масштабном политическом спектакле.