«Проект R» разворачивается в фантастическом мире, которому угрожает темная сила Могбаен, и рассказывает историю «Слоев», покинутых героев, которые объединяются, чтобы защитить мир, несмотря на собственную борьбу. В новом повороте выбор игрока будет определять развитие персонажа и влиять на сюжетную линию, влияя как на реакцию мира, так и на потенциальные финалы.