События Soul Hackers 2 происходят в 21 веке во время войны между "Ятагарасу" и "Фантомным обществом", двумя противоборствующими фракциями из Призывателей демонов. История расскажет о двух сверхъестественных "Айонах", которых зовут Ринго и Фигуэ. Они спустились в мир смертных из своего родного потока данных для предотвращения катаклизма, который должен уничтожить человечество.