Действие Submerged: Hidden Depths будет разворачиваться в постапокалиптическом, затопленном мире. Главные герои игры – девушка Маку, обладающая магической силой и парень Таку – исследуют руины некогда величественного города, путешествуют по затонувшему мегаполису на маленькой лодке и взбираются на разрушенные небоскребы, чтобы раскрыть таинственную историю ушедшего под воду поселения.