Действие игры разворачивается спустя 400 лет после событий Total War: SHOGUN 2. Древняя Япония вступает в век технического прогресса, а вмешательство США, Великобритании и Франции ведет к кровопролитной междоусобице, в которой решается судьба государства.
Новая кампания начинается в 1864 году на фоне разгоревшейся в Японии войны Босин и нарастающего недовольства колонизаторской политикой западных держав. Япония модернизируется и создает собственную промышленность. Изменения в общественном укладе и в экономике неизбежно ведут к обострению национализма и вызывают ненависть к сегунату.