Новая часть не является прямым сиквелом XCOM 2 или дополнением. События игры разворачиваются спустя пять лет после War of the Chosen, а люди и инопланетяне работают бок о бок, но не все довольны таким положением дел. Чтобы предотвратить возможные провокации было создано специальное межвидовое подразделение «Химера», контроль над которым и возьмут игроки. В их распоряжении 11 ветеранов с уникальными способностями, что привнесет нечто новое в привычный игровой процесс.